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연구소의 활동은 크게 연구활동, 출판활동, 대중활동, 국외학술 교류로 나눌 수 있습니다.

40여 명의 연구원을 중심으로 공동연구(세미나), 월례발표회, 저작비평회, 학술토론회, 심포지엄 등의 활동을 합니다. 2007년 12월부터는 분과체제를 도입하였습니다.
이에 따라 각 연구원은 경제사분과, 사회사분과, 근대 정치·사상사 분과, 현대 정치·사상사분과 중 한 분과에 소속하여 월례 세미나 및 각종 연구프로젝트를 진행하고 있습니다.

① 기관지 :『역사비평』(대중학술지),『역사문제연구』(전문학술지)
『역사비평』은 통권 60호를 넘기면서 대중역사학술서라는 새로운 영역을 개척하였으며 가장 중요한 역사학술서로서 굳건히 자리잡았습니다. 『역사문제연구』는 한국근현대의 주요 과제들을 중심으로 한 연구성과물들이 실리고 있으며, 국제적인 학술지를 지향하고 있습니다.
② 전문학술서 :『한국근현대 연구입문』,『해방3년사 연구입문』,『한국의 '근대'와 '근대성' 비판』,『1950년대 남북한의 선택과 굴절』,『 전통과 서구의 충돌』 등.
③ 자료집 :『『동학농민전쟁 연구자료집』,『일제하 사회운동인명색인집』등.
④ 대중학술서 :『한국현대사의 라이벌』,『인물로 보는 친일파 역사』,『 화해와 반성을 위한 동아시아 역사인식』,『사진과 그림으로 보는 한국의 역사』, 『사진과 그림으로 보는 북한현대사』, 『사진과 그림으로 보는 한국현대사』,『20세기 한국사』시리즈 등.현재 연구소는 두 종류의 기관지 이외에 위와 같은 양서들을 30 여권 이상 출간하였습니다.
① 한국사교실 :
1987년 9월부터 현재까지 대중과의 소통을 위한 각종 강좌와 토론회를 마련하고 있습니다.
2008년 현재는 한국학술진흥재단의 후원과 지역공동체와의 연계 속에 연구소 주관으로 《시민인문강좌》를 진행하고 있습니다. 2008년 3월부터 월계, 고양, 마포 등지의 지역주민을 대상으로 <생활변화를 통해서 본 한국근현대사>, <아이들과 함께하는 자연사 박물관 프로젝트>, <마포역사 나들이>, <서울에서 조선시대 여행하기>, <20세기 한국사 교실> 등의 강좌가 지역주민, 특히 주부와 아이들의 큰 호응을 받으며 진행 중입니다.

② 역사기행 :
매년 봄·가을 개최되는 이 행사의 내용은 휴전선일대와 임진강 답사를 통한 분단체험, 동학농민전쟁 전적지 순례를 통한 민중의 저항정신 체험, 강화도 등의 민족수난지 체험, 중국 연변지역의 청산리 전적지 답사 등을 통한 항일정신체험, 서울 시내 근현대사 유적지 답사를 통한 근대인의 활동과 조선 후기 한강수로의 요충지 답사를 통한 조선후기상의 이해 등이었습니다.
연구원을 포함하여 일반인들도 다수 참여하고 있습니다.

1990년대 중반부터 연구소의 활동 중 중요한 부분으로 대두된 것이 해외학술 단체들과의 교류입니다.
일본 와세다 대학을 중심으로 한 민중사연구회와의 정기국제학술회의, 중국연변대학교의 민족문제연구소와의 비정기 학술회의 등이 그것입니다.
이를 통해 해외의 한국학 연구 성과를 접하고 이를 국내에 소개하는 작업도 활발히 전개하고 있습니다. 또 6회까지 개최된 <동아시아 평화와 인권 국제학술회의>에도 적극적으로 참여함으로써 활동의 폭을 더욱 넓혀가고 있습니다.
독일역사학자들과 한국과 독일의 역사비교 속에 평화공존의 길을 모색하기 위한 활발한 교류 역시 전개하였으며 그 성과로 3차에 걸친 한·독 국제학술대회를 개최하였습니다.